Dans le secteur public, la durée de conservation des arrêts maladies est réglementée par plusieurs textes législatifs et réglementaires. Le Décret n° 2011-675 du 15 juin 2011 relatif au dossier individuel des agents publics et à sa gestion sur support électronique, ainsi que l’Arrêté du 21 décembre 2012 relatif à la composition du dossier individuel des agents publics géré sur support électronique, fournissent des directives sur la durée d’archivage des pièces du dossier administratif de l’agent.

La Note d’information DGP/SIAF/2014/001 du Service interministériel des Archives de France précise que les dispositions de l’arrêté du 21/12/2012 devront être appliquées aux documents gérés sur support papier si les moyens et les organisations permettent d’appliquer ces règles de tenue interne du dossier individuel. À défaut, l’ensemble du dossier devra être conservé pendant la nouvelle DUA (Durée d’Utilité Administrative) de 80 ans à compter de la date de naissance de l’agent.

Ces textes précisent que les demandes de congés pour « maladie ordinaire » doivent être conservées 2 ans en base active à l’issue du congé puis archivées en archivage intermédiaire (accès restreint) jusqu’au terme de la durée d’utilité administrative fixée à 80 ans à compter de la date de naissance de l’agent.

Dans le secteur privé, la durée de conservation des arrêts maladies est généralement de 5 ans, par analogie à celle des accidents de travail. Cette durée est mentionnée dans le Code du Travail et est confirmée par le site officiel du gouvernement français code.travail.gouv.fr.

Il est important de noter que la conservation des dossiers médicaux, y compris les arrêts maladies, doit toujours respecter les réglementations en matière de protection des données personnelles et de confidentialité.